アニーはヘンリー･ウィルコックスに呼び出され、アーサーがコロンビアのテロ組織ＡＬＣに資金を流していると聞かされる。オーギーを含め関係者には破滅が待っているという。真相を探るためコロンビアへ向かうアニー。あとから駆けつけたオーギーと共に資金の運び屋を尾行する。しかし尾行に気づいた運び屋がオーギーを銃撃。２人は武装グループに捕まってしまう。そして連れて行かれた先で待っていたのはＡＬＣのプーマだった。
アーサーからテオ･ブラガが実の息子であると打ち明けられたアニーは、ヘンリーのたくらみを探ることに。一方アーサーの浮気を信じる傷心のジョーンに、かつての恋人セスが急接近。しかしセスこそが、ヘンリーに機密情報を流している人物である可能性が浮かび上がる。アニーの盗聴により、ソルスター石油の会議でヘンリーとセスが同席していたことが分かったのだ。機密を流した証拠を見つけるため、アニーはセスの家に忍び込む。
ヘンリーはアニーに資料を渡し、テオの殺害を指示する。資料にはアメリカを標的とするテロにテオが関わっていると書かれていた。それを聞いたアーサーは、テオが潜入諜報員であることを明かす。だが現在は音信不通。果たしてテオは寝返ったのか？ 彼と会うためアニーはコロンビアへ向かう。アニーはテオに国外脱出を促すが拒否される。そこでコロンビア支部長のカルダーに応援を要請しＡＬＣの拠点を急襲、テオを確保することに。
テオからの情報をもとにチェン夫妻を監視するアニー。夫妻はテロ組織のために資金を動かし、コロンビアでのテロにも関与していたという。ある夜、夫妻を尾行すると待っていたのはヘンリー・ウィルコックスだった。一方、ジョーンの機密部長就任を受け、オーギーが国内防衛部の暫定部長に抜擢される。昇格を喜ぶものの、上司と部下となったアニーとの関係に微妙な変化が生じる。果たしてアニーの求める秘密のない関係は築けるのか？
オーギーはカルダーが国内防衛部の部長に就任したのはヘンリーの差し金であることを知る。そのカルダーはオーギーを外し、自分がアニーの窓口役になり、チェン夫妻と取引をしていた武器商人スタブロスを調べるため、アニーにウィーン行きを命じる。同時に任務終了までオーギーとの連絡を断つよう言い渡す。この急な展開に、今回の任務はヘンリーとカルダーによるワナではないかと疑うオーギー。果たして彼の心配は的中してしまうのか？
セスの遺体が発見されＦＢＩが捜査に乗り出した。アニーが捕まる前にセスとヘンリーの関係を暴くには、セスが死亡時に持っていたＵＳＢメモリーがカギとなる。そのＵＳＢメモリーを手に入れようとジョーンはアニーをＦＢＩへ派遣する。ＦＢＩでアニーを待っていたのは因縁の相手ロサビ捜査官だった。彼はアニーの派遣には裏があると疑い、自ら捜査に参加。一方アニーはセスの爪から検出された皮膚組織がＤＮＡ鑑定に回されたことを知り動揺する。
死んだはずのオーギーの元妻ヘレンは生きていた。アニーとオーギーに真実を問われたアーサーは、ヘレンの死は偽装であり、現在も彼の直属で地下活動を続けていることを告白する。そのヘレンの調べで、ウィーンで消えた武器はヘンリーの仕業であることが判明。アーサーはアニーに、武器の取引が行われるリヨンにヘレンと共に向かうよう指示する。一方カルダーはスタブロス殺害に関するアニーの報告に矛盾を発見し調べを進めていた。
オーギーはセスのＵＳＢメモリーに残る画像データから、ＡＬＣのエドゥアルドとヘンリーの密会をつかむ。身柄を拘束中のエドゥアルドから話を聞き出すため、ＡＬＣで彼の“兄弟”だったテオに協力を要請。アニーとテオはエドゥアルドが収容される施設へと向かう。一方カルダーはウィーンでアニーとテオが会っていたことをつかみ、それを報告しなかった彼女を怪しむ。テオについてエドゥアルドに尋問しようと、彼もまた収容施設へ向かう。
ヘンリー暗殺を止めようとテオを追ってコペンハーゲンに到着したアニー。テオの狙撃を阻止するため空砲でわざと騒ぎを起こし警察に捕まってしまう。釈放されたアニーを待っていたのはヘンリーだった。彼は消えたスタブロスのミサイルを使い、テオへのワナを実行しようとしていた。一方カルダーはオーギーを地下牢に隔離し、ミサイルの用途やセスのＵＳＢメモリーについて尋問。真実を求める彼の姿に、ヘンリーの手下だという仮説が揺らぐ。
ヘリ撃墜事件でインターポールに追われながらも、アニーはヘンリーの動向をつかもうとフランクフルトへ。彼が撃墜事件の前夜に元妻サナに会っていたことを突き止める。一方ＣＩＡではジョーンが機密部長を外される。臨時代理となったブレイスウェイトはアニー救出のためにカルダーをドイツに派遣。しかし救出チームのゲリーがアニーを追跡中に謎の男に殺され、殺人犯に仕立てられたアニーはＣＩＡからも追われる身となってしまう。
ＣＩＡの離反者とされているアニーは、ジェシカ・マシューズと名前を変えてスイスに入国。ヘンリーの元妻サナにうまく近づき、彼女の婚約者デービッドの会社で働き始める。ある日会議のためにグッドマンという来客があるが、なんと彼はコペンハーゲンでヘリを撃墜した男だった。一方、機密部が事実上ヘンリーに牛耳られる中、彼とブレイスウェイトの間に溝を作ろうと、オーギーとカルダーはひそかに作戦を進める。
殺したグッドマンの泊まっていたホテルに行き、彼のＰＣを手に入れたアニーとサナ。ヘンリーがデービッドを潰そうとしていることを知る。デービッドを助けたいサナはアニーの計画に渋々協力し、ヘンリーをジュネーブに呼び寄せる。まだグッドマンの死を知らないヘンリーに、アニーはグッドマンの携帯から「すべてをサナにバラされたくなければ３００万ドル払え」とゆすりのメールを入れ、彼の金の動きと仲間を探ろうとする。
アニーが殺したグッドマンの正体はＣＩＡの諜報員デリック・ヒューズと判明。ヘンリーは殺人の容疑者としてジェシカ・マシューズを追跡するようカルダーに指示する。一方でカルダーはひそかにＤＣに戻っていたアニーに呼び出され、デリックのＰＣを託される。ヘンリーにつながる証拠を見つけるべくオーギーに分析を依頼するが、肝心なメールは暗号化されていた。オーギーは解読のヒントを得るためアニーを捜すことにする。
復讐心に燃えるオーギーはヘンリーを拘束しようとバーバーに協力を求める。一方、アニーはヘンリーの資金調達係であるネルソンを追いニューヨークへ。彼を説得し、お金の運び先やヘンリーが香港へ行こうとしていることを聞き出す。同じ頃ジョーンはロサビからの情報提供により、ヘンリーがダイヤを使って資金洗浄していることを知る。そして自らダイヤの卸売商に乗り込み、香港での受け渡し場所の情報をつかむ。
ダイヤの運び屋を追って香港にやってきたアニーとオーギーとカルダー。運び屋を見つけるがダイヤが入った鞄は既になく、更に運び屋は車にひかれて死んでしまう。アニーは事故の目撃者を装い警察に同行。現場の監視映像を見ることに成功し、運び屋からダイヤを受け取った男は中国の諜報員オリバー・リーだと突き止める。アニーはオリバーに取引を持ちかけ、ダイヤを彼の物にする代わりにヘンリー・ウィルコックスの確保に協力するよう交渉する。
香港に残ったアニーは自らヘンリーに接触。連れて行かれた彼のオフィスでＣＩＡの襲撃を受けるが、何とかヘンリーともども脱出する。襲撃を指示したのはヘンリーとの共謀を闇に葬ろうとするブレイスウェイトだった。襲撃から逃れたヘンリーはアニーを連れて中国の諜報機関ＭＳＳの隠れ家へ。そこにＭＳＳの人間がやってくると、ヘンリーはオリバー・リーの誘拐犯としてアニーを突き出し、代わりに亡命と保護を要請する。