スリランカで出会った謎の男ベン・マーサーとの恋に破れたアニー・ウォーカーは「もう誰にも騙されるまい」と決心してCIA（アメリカ情報局）に入局した。新人諜報員として訓練にいそしむアニーの元に本部から突然指令が。6カ国語を操るアニーの語学力を買った本部が彼女に与えた初任務、それはロシア人暗殺者スタスとPDA（携帯情報端末）を使っての情報交換だった。娼婦に扮してスタスの待つホテルの部屋へ向かうアニー。しかし、そこでアニーを待っていたのは･･･。
飛び込みでCIAに情報を持ってくる“ビジター”たちの話を聞く任務を負うことになったアニー。
そこに息子が短波放送に流れる暗号を傍受したという女性が現れる。CIAは暗号がIRAのものと分析。しかし情報を提供したヘレンと息子のウォルターはCIA本部からの帰り道、何者かに追われ、暗号を録音したテープを持ったまま逃亡してしまう。アニーはMI6のエリオットと共に調査に乗り出した。CIAは元IRA指導者のケイヒルを拘束するが･･･。
ベネズエラの政府職員ポンセスによる不正を暴くため、彼の愛人フリアの弟であるディエゴに接近するアニー。銀行職員であるフリアはポンセスの横領に手を貸していた。アニーはフリアに協力を要請するためディエゴと共にベネズエラへ飛ぶが、空港で待っているはずだったカラカス支部のエージェントの姿は見あたらない。実は彼は既にポンセスの手にかかり殺された後だった。フリアとの面会は果たせたが、ポンセスを愛するフリアは･･･。
モサドの諜報員とブリーフケースを交換する任務でアニーはスイス・チューリッヒの空港へ。単純に見えた任務だったが、空港には接触相手とおぼしき男が2人。どちらが本物か戸惑うアニー。その時、突然爆弾が爆発し、空港は混乱の渦に。アニーはケースを持って現地の協力者であるファトマのもとへ向かう。セーフハウスに案内され、部屋に入るアニーを突然襲う人影。そこでアニーを待っていたのは今回の接触相手であるモサドの諜報員エイアルだった。
ミサイルを積んだ船がヨハネスブルグを出港し、アメリカへ向かっているとの情報が入った。荷主は悪名高き武器商人ハッサン・ワリード。
ジョーンは東アフリカの情報源にツテがある元諜報員マコーリーの協力を得るべく、アニーを彼のもとへ送り込む。世捨て人同然の暮らしをしているマコーリーを説得するアニーだったが、泥沼はたくさんだと言って協力を拒まれる。 泥沼・・・それは諜報員時代にマコーリーが見たCIAの裏の顔だった。
2週間で3つの作戦の情報が漏れ、CIAの任務に大きな支障が出ていた。危機感を抱いたDPD（国内防衛部）は調査を開始。アニーは情報特別委員会所属の上院議員ジャービスに接近することに。そこで彼の妻マデリンと補佐役アシュリーに出会う。夜再びジャービスのオフィスに侵入したアニーはジャービスとアシュリーの情事を目撃。情報を引き出そうとアシュリーに近づいたアニーは、会話の中で妻マデリンとその友人でインドネシア大使の妻バーマの関係に注目する。
突然ワシントンDC一帯の通信システムが遮断された。犯人は誰なのか。調査の結果、上がってきた名前はロシア人の天才ハッカー。それはオーギーのかつての恋人ナターシャだった。
ハッカーたちの集まるコンピューター・セキュリティのイベントでナターシャと会い、彼女を買収するよう指示されたオーギー。イベント会場でナターシャと再会するも、オーギーにひどい仕打ちを受けたと思っている彼女が説得に応じる筈はなく・・・。
オークション会場の倉庫で警備員に身柄を拘束されたアニー。彼女のそばには数体の遺体が。FBIの取調室でジョーンに説明を求められ、アニーはオークションが武器の売買に関わる金を動かす隠れ蓑になっており、オークション主任のジャクリンから連絡があったと語る。実はアニーがオークションに赴いた裏にはスリランカで出会い、恋をした謎の男、ベンが大きく関わっていたが、そのことについてはジョーンに話そうとはせず・・・。
CIAに入って数ヵ月。ベンに関する謎は深まるばかりで、彼が残したメモの意味も未だ分からずにいる。そんなアニーを見かねたジョーンは彼女に休暇を取らせることにした。
アニーは、結婚10周年記念旅行を夫にドタキャンされた姉と共にナイアガラの滝を訪れる。休暇で来た筈が、ホテルに着くとDPDから電話が。アニーは、WTO（世界貿易機関）の年次総会から逃亡し、アメリカへの亡命を求めるイラン人、ヤーヤ・ラヒミと会うことになる。
ドン・リドリーという男が逮捕された。リドリーはロンドンとアメリカを行き来するダイヤの運び屋、8カ月に20回も両国を往復していたが、今まで捕まったことはなかった。リドリーの貨物の書類は、税関で検査されないよう事前に操作されていたのだ。書類を作成していたのはロンドンの米国大使館員ビビアン・ロング。ダイヤの密輸の裏には何があるのか？ジョーンはアニーをリドリーの後釜にさせ、黒幕を暴くという作戦を立てる。
化学者のサビーン教授が武器商人のアルティガスたちに拉致された。テロリストへ売る化学兵器の開発が目的だ。教授はベンがCIAにいた2年前に、スリランカから香港へ逃がした人物。教授を取り戻したいベンは、CIAの前に姿を現して協力を求め、アルティガス一味がいると思われるスリランカへ向かうことに。しかし、ベンを信用しきれないアーサーの指示で、アニーがベンの見張り役として任務に同行する・・・。
